В 2040-м Копенгаген покрыт стеклянными куполами и камерами наблюдения. Электричество распределяется по карточкам, пища синтезируется из заменителей, улицы заполнены дронами. Смилла Ясперсен избегает лишних контактов, предпочитая архивы живому общению. Родом из Гренландии, она владеет необычными знаниями, унаследованными от матери-инуитки. Работа в геолого-аналитическом центре позволяет следить за ледниками, но не спасает от одиночества. Мальчик по имени Исайя случайно оказывается рядом, когда Смилла замечает неладное в его документах.
Он молчит, не доверяя взрослым, но в глазах — страх, который остаётся в памяти. Внезапная гибель ребёнка на фоне безмолвия полиции толкает Смиллу к расследованию. Отказавшись подчиняться официальной версии, она отправляется в заброшенные районы, где хранится правда. Данные с камер исчезают, свидетели боятся говорить, а каждый шаг отслеживается правительственными структурами. След ведёт в Арктику, где находятся засекреченные лаборатории и заброшенные базы. Внутри неё пробуждаются древние инстинкты, помогающие читать ледяные трещины и атмосферные шумы.