Бэтмен, Бэтгерл и Робин решают объединить усилия с черепашками-ниндзя, чтобы остановить Шредера, который, как выясняется, разрабатывает план по созданию армии мутантов, используя украденные материалы из лаборатории. В то время как Бэтмен пытается выяснить детали замысла Шредера, черепашки собираются в своих нью-йоркских подземельях, чтобы подготовиться к предстоящей битве. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло, каждый из которых обладает уникальными навыками, начинают разрабатывать стратегию. Они понимают, что для того, чтобы противостоять Шредеру, им нужно не только мужество, но и технологии. Донателло занимается разработкой нового оборудования, чтобы помочь команде в их миссии.
Тем временем, союзники получают информацию о местонахождении Шредера. Он прячется в заброшенном заводе на окраине Готэма, где проводит свои эксперименты. Объединив свои силы, они устраивают атаку на базу Шредера. Сражение оказывается напряженным, и коварный злодей использует своих подручных, чтобы создать помехи. В разгар битвы Леонардо сталкивается лицом к лицу с Шредером, и между ними разгорается старая вражда. С помощью своих друзей Лео удается взять верх, но Шредер использует хитрый трюк, чтобы сбежать, активируя устройство, которое угрожает взорвать весь завод. Ребята работают вместе, чтобы обезвредить угрозу. Бэтгерл, используя свои навыки в технике, успешно отключает устройство, в то время как Робин и черепашки сражаются с оставшимися приспешниками Шредера.